奉天、吉林、黑龙江三省的“省长”在关东军的支持和威迫下，于1932年2月16日在沈阳召开了所谓的“建国会议”。翌日，宣布成立“东北行政委员会”，并发表所谓的《独立宣言》，公开筹建“满洲国”。日本侵略者攻入锦州后的得意情形石原莞尔一面在东北炮制“满洲国”政权，一面就“满洲”事宜，专程返回东京，汇报情况，声称：一、“满蒙”问题的解决，不应只顾眼前的利益，必须考虑到世界形势的演变和东亚的未来而加以妥善处理。二、为使苏联放弃进攻远东的企图，确立不败之国防，必须从中国开始实现东亚各民族间的真正的大同团结。
　　三、作为第一步，必须使“满洲国”成为理想之乡。新建立的“满洲国”，既非中国之失地，也不是日本的领土，而是日中两国共同的独立国家，同时也是各民族协和的理想之乡。四、为获取区区权益，想以权势压迫汉民族的做法，等于重蹈招致三千万民众怒恨而崩溃的张学良之覆辙。
　　五、在满洲的日本人，应该白手起家，与各民族共处，通过公开的竞争来确立自己的生存权。“满洲国”成立的同时，必须立即废除治外法权、满铁附属地行政权等特权。用法律保护日本人的特权，将会助长日本人的优越感，造成与其他民族间的不和，且导致日本人的堕落。石原莞尔的意见，暴露出他长期占领我东三省的阴谋。石原将这些意见向军部和政府作了说明，获得了日本国内军政高层的一致赞赏和支持。
　　3月1日，“满洲国”《建国宣言》发表。9日，在长春举行“建国”仪式，溥仪就任“执政”。“满洲国”的建立，标志着石原莞尔谋划已久的侵略东北、以战养战的图谋的实现。同时，他被论“功”行赏，1932年8月，石原莞尔被晋升为大佐军衔。
　　刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，1932年8月8日奉调回国，担任兵器本厂厂附。1933年8月1日，石原莞尔转任第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓吹他的“南进”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提出具体的侵略策略：“以迅速巧妙之手段使中国本部归我支配、以日、、华三国为基本范围实行自给经济”，为“日美大战”做好准备。
　　1935年8月1日，石原莞尔出任参谋本部作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提出了“扩充日满经济力量，加强扶植，增强大陆兵力，建设无敌空军”的具体计划，为扩充日本侵略实力出谋划策。
　　1936年6月上旬，参谋本部新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。6月30日，以石原莞尔为首，参谋本部形成了一份《国防国策大纲》。7月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。8月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和具体计划，勾勒出了日本侵略行动的“蓝图”。1937年3月1日，石原莞尔晋升为陆军少将。
　　七七事变后，日本帝国主义发动全面侵华战争。
　　1937年9月27日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，鄙视东条英机是靠关系网而步步高升的，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
　　预备役时的石原莞尔1938年12月5日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。1939年8月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
　　1940年7月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。3月1日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。3月31日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
　　被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅速扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来干脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于1942年9月返回鹤冈家乡闲居。
　　1945年日本战败投降后，石原莞尔乘机将自己装扮成受东条英机迫害的“和平战士”，以逃避被当作发动侵略战争的罪犯而受审，并出任东久迩内阁的内阁特别顾问。因为这个身份，刘建业和他的部下也就无法像对待其他战犯嫌疑人一样，直接将其逮捕。石原莞尔借机接连发表了《我们的世界观笔记》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什么“放弃战争”，建设“不要战争的文明”的主张，企图投美国人之所好。石原莞尔还专门给驻日盟军总司令麦克阿瑟写了一封建议书，提出所谓“超阶级的政治”，胡说什么“过去的政治是为阶级利益的政治”，而“超阶级政治”只是“为了理想”。
　　盟军开始逮捕战犯以后，石原莞尔为了争取主动，在盟军最高司令部尚未对其发出逮捕令之时，就主动前往盟军司令部自首，然后被收押进巢鸭监狱。
　　为了指证土肥原，刘建业和中国检察组不得不在美国人的协助下，以与石原莞尔达成司法协议的方式，说服其出庭指证土肥原和东条英机等其他战犯，换取不将其送上法庭受审。
　　“石原将军，尽管我很想把你送上军事法庭，让你受到正义的审判，但是，为了指控土肥原和东条英机等人，我只能控制住我的愤怒，与你达成这个协议。我现在只要求你遵守这个协议，做你必须做到的，不然，我想你应该知道，仅仅是你在东北所作的那些事情，就已经足够把你送上绞刑架的。”见证了司法协议达成以后的刘建业，对石原莞尔说道。
　　“这个自然，我一定严格遵守协议。”达成司法协议，基本保证了自己性命的石原莞尔说道。
　　“我听说石原将军的身体最近不太好，还是要注意一下，最好免得遇到给我国的吴大帅和谭贵人治病的日本医生那样的大夫，否则，事情恐怕不太好。”刘建业说道。
　　“将军放心，我一定说到做到。”听到刘建业的话，石原莞尔的头上开始冒出了冷汗。这个号称日本陆军“大脑”的人，怎么可能不清楚那两个人是怎么死的呢？现在在日本，占领军是说话最有用的，想要让一个已经无权无势的旧军人死得不明不白，那简直就是易如反掌。
　　随着石原莞尔的出庭作证，土肥原对于在东北的所作所为，更加无法抵赖了。原因很简单，从皇姑屯到九一八，再到建立伪满洲国，最主要的策划和实施人就是板垣征四郎，土肥原贤二和石原莞尔。对于两位旧日同僚在这几件事情上的所作所为，作为同谋和共犯的石原莞尔自然是比其他人更加清楚和了解的。
　　如果说其他的人证，土肥原还能找到办法狡辩推托，对于石原莞尔，土肥原就没有办法了。石原有着很好的记忆，对于他们三个人在那段时间里的所作所为，回忆得相当清楚，而且连他们所策划实施的计划的细节，都交待的非常清楚。
　　在此之后，中国检察官向哲浚登台揭发了土肥原在中国贩卖鸦片的罪行，指出土肥原鼓吹日本用刺刀、鸦片、特务三件“法宝”灭亡中国的邪恶企图。他义愤填膺地控诉道：满洲”建立新“政权
　　中国检察官在此基础上，继续揭露了在板垣征四郎担任陆军大臣时，土肥原曾来华妄图促使吴(佩孚)唐(绍仪)合作，建立傀儡政权，以及血腥屠杀中国、马来亚、印尼等国无辜百姓，虐待残害战俘等罪行。
　　面对确凿的事实，土肥原理屈词穷，原先的嚣张气焰一扫而光，而且狼狈不堪。他自知难以抵赖，同时也怕狡辩时被迫说出更多的情况、暴露更多的罪行，所以索性放弃了申辩权。
　　“干杯，我们一定要好好的庆祝一下。”向哲浚在酒馆里举起了自己的酒杯，对与自己一起共事的检察官和中国军官们说道。
　　“是要好好的庆祝一下，土肥原这个老狐狸和板垣征四郎在法庭上被他们的老朋友石原亲口指证的时候，那个脸色简直就和猪肝一样了。我看着他的脸色，别提有多高兴了。”范副官说道。
　　“扳倒土肥原，确实应该庆祝一下。不过，我听梅法官说法庭下面就要开始对南京大屠杀进行法庭调查了，向检察官，是不是这样？”刘建业喝了一口酒说道。

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