毛人凤根据这一指示，3 月间在重庆召开了有西南、西北、广西、湖南等省的特务头目参加的会议。毛提出这样一个办法：各人返回自己的家乡去进行个别活动，在地方上设法立足生根。
　　这个办法一方面可以大量派遣特务到各个角落去继续从事反共活动，同时又可以减少拥挤在国统区后方城市的待命人员，实际上是不想再负责安置他们的工作。因为地区一天天缩小，人一天天增多，也实在没法安置。这一举数得的办法，蒋介石很为赞许。
　　毛人凤在宣布这一办法时，要求这些从事还乡运动的人，要在自己家乡坚持一两年，并要他们相信蒋介石不久便可在美国帮助下率部卷上重来，只要忍受一个短时期，便可得到重用。毛人凤还指示他们回到解放地区，可以向共产党坦白交代自己过去的历史，不必隐瞒身份；但有一点要注意的是，不准交代组织，特别不准检举其他特务，不准揭发别人罪行。如果不遵守这一规定，不但将来要处分，甚至当时就要派人进行纪律制裁。毛还告诉这些人，可自首、交代一些历史上的人，以便进一步取得信任。如果能够在新政权机关中得到工作，那时自然会派人去联系；没有联系到以前，可以相机行事。自己有把握的破坏活动，一定要进行，成功后逃到国统区或台湾可以受到奖励。回到尚未解放的地区的人，要先立下足来，设法掌握地方团队武力，有把握时可以参加打游击；等到共产党到时，如果没有办法，可以参加起义，以便混入解放军部队去。
　　留下大量中共叛徒
　　1949  年10  月初，有天傍晚，昆明航空检查所所长李瑞峰拿了一大批请示飞香港、仰光、台湾等地的申请表，要沈醉作最后决定。当时毛人凤住在沈家，在楼上一间大的客厅办公，沈醉在他隔壁一间小会客室办公。徐远举正在和沈醉聊天，沈便叫李瑞峰把申请表放下，等他看过后再还给他。毛人凤等李一下楼就把沈醉和徐远举叫到他的办公室，要他们特别注意一个问题。他说，蒋介石曾当面指示他，要尽可能不要让中共叛徒去台湾，而要劝他们留下。他说，蒋连张国焘都叫人去劝说过。当时沈问毛人凤，为什么要尽可能不让中共叛徒去呢？毛说，这是蒋介石英明的地方，使他非常佩服，要沈醉和徐远举一定要认真控制好去台湾的飞机票。因为中共叛徒去台湾有百害而无一利，主要原因是共产党胜利了，他们决不会再死心塌地地跟着国民党。加之有些中共叛徒在台湾又没有什么关系，再也不能利用他们去破坏地下党组织，只是增加负担。他们到台湾后，当局不但要多养活一批闲人，还得防范他们倒戈投向共产党，在台湾搞里应外合，而留下这批人在大陆的好处就太多了。由于蒋介石采取这一措施，解放前夕在重庆出卖江竹筠、王朴等近百名地下党的叛徒、曾任重庆市委书记的刘某，虽然对国民党立过“大功”，在最后向毛人凤跪下去苦苦哀求让他去台湾时，也被毛人凤一脚踢开，在解放后落入了人民法网。曾给国民党立过汗马功劳、在军统中工作多年爬到将官级的前张国焘的秘书，也没能逃往台湾。此外，未能逃到台湾的中共叛徒，有作过榆林站长的，有任军统局局本部第二处副处长的，有任业务处长的，有任兵工署稽查处长的，有任成渝铁路警务处长的，等等。
　　准备在西南地区打游击、当流寇
　　1949  年12  月12  日，是蒋介石在中国大陆上的最后时刻。
　　这天中午，毛人凤及蒋介石的贴身机要秘书拿着一份《关于大陆失陷后组织全国性游击武装的应变计划》和一大叠国民党中央行政院的委任状，从蒋介石卧室里出来，匆匆往楼下的一间临时机要室走去。这项“应变计划”是从人民解放军强渡长江后由毛人凤亲自起草、拟定的，前后酝酿了整整半年，其中的一些措施，早在人民解放军挥戈南下之时就已经着手进行部署和安排了。
　　毛人凤在重庆期间，曾要求每个省站的负责人立即拟好一份“应变计划”，叫大家充分作好临解放前的大破坏、大逮捕、大屠杀的准备，并从速作好上山当流寇的准备。他谈得比较具体一点的是打游击，主要力量是依靠何龙庆的交警第一旅两个总队。贵州站长陈世贤曾表示，他和余万选可以成立一两个总队。云南方面当时也有一些交通警察，可以凑成一个总队。如加上西南地区十几个兵工厂的警卫部队，以及特务们所掌握的一些公开单位和流氓组织，凑几万人不成问题。
　　毛人凤信心十足地说，共产党是靠打游击起家，而军统特务也懂得这一套，在这方面要比一般正规部队强得多，将来在大陆上保留几个据点是有把握的。同时他还向四川省主席王陵基要到了沪州专区，介绍罗国熙去当专员，派了几个特务当县长，准备把这个地方也作为根据地。
　　毛人凤拟定的“应变计划”是一项国民党在地下继续与共产党和人民解放军进行斗争的政治动员令和组织大纲。而那些委任状，则属于这项“应变计划”中的一部分，是由国民党“行政院”正式委任的在全国各大区以及各主要游击区的负责人和主要领导人。经蒋介石签署后，将通过秘密电台发往全国各地的潜伏组织和武装特务。这也是蒋介石在离开大陆前的最后的计划和措施。
　　“应变计划”称，“为更好地在全国范围内贯彻……总体游击战之计划，按照当前全国特定情形，全国敌后工作委员会总部暂时设在台北”，并在大陆设5 个“勘乱区”：
　　第一是西南区，主要负责人何应钦；第二是西北区，主要负责人马步芳；第三是华北区，主要负责人李玉堂；第四是东南区，主要负责人郑介民；第五是华南区，主要负责人薛岳。
　　“应变计划”规定，这5 个区“直接统归中央行政院领导，并受驻台北全国敌后工作委员会具体工作指导”。
　　除上述五个“勘乱区”外，“应变计划”中还策划在各地建立15  个“重点游击根据地”。它们分别是：
　　苏南太湖游击根据地，辖“太湖游击纵队”4 个师，并“曲线救国新编第一军”，纵队司令胡伯龙，参谋长季家振。
　　湖北大别山游击根据地，辖“大别山人民反共义勇军”一个军，军长汪宪，参谋长袁成英。
　　浙皖边游击根据地，辖“浙皖边区游击挺进纵队”一个军，并“浙边支队”、“皖边支队”各一个师，纵队司令徐振东，副司令徐建中。
　　豫西游击根据地，辖“豫西剿暴总指挥部”两个军，并“黄河”、“绥远”两个特工大队，总指挥卢民。
　　赣南井冈山游击根据地，辖“井冈山游击挺进军总指挥部”一个军，并“翠微峰独立支队”，司令黄镇中。
　　湘西游击根据地，辖“湘西反共救国军”暂编第一军，并“新一师”、“新二师”，军长陈子贤，“新一师”师长杨兴周，“新二师”师长余适。
　　湘鄂川边龙山游击根据地，辖“湘鄂川边反共游击军”暂编第二军，并5 个直属支队，总司令翟波平。
　　广西瑶山游击根据地，辖“广西反共游击联军”暂编第四军，并两个交警大队，军长黄品琼。
　　广西十万大山游击根据地，辖“广西反共复国第三方面军”一个军，及九个县自卫大队，总司令苟正康。
　　黔东北游击根据地，辖“黔东北人民自卫军”暂编第九军，军长史肇周，副军长吴登云。
　　川黔湘鄂边游击根据地，辖“边区人民反共自卫联军”四个师，及十一个自卫团，总司令陈全，副总司令陈长捷。
　　川南游击根据地，辖“西南剿共救国纵队”两个军，并新编第七师，第一军军长也占武，第二军军长欧阳祥林，新七师师长吕振华。
　　滇北昭通游击根据地，辖“云南人民救国义勇纵队”一个师，并三个大队，师长杨永寿，大队长王跃云、龙绳曾、李云聪。
　　甘青川边游击根据地，辖“三边绥靖反共司令部”四个师，总司令周迅宇，副总司令刘野樵、傅秉勋。
　　武当山游击根据地，辖“鄂陕边人民自卫军”一个军，并新编第五、第八军，总指挥王凌云。
　　“应变计划”还对这些“游击武装”布置了具体任务，“一是要保存，二是要扩大，三是要进击”。要求他们“各自为战，苦撑待变，尽力避免不利行动。生存就是胜利，坚守就是胜利。同时，积极吸收和引导、组织过去我所留之各种地方武装、警察、绿林武装，等待一切机会，留心一切机会，创造一切机会”，并“利用当前社会问题制造事件”，积极主动地进行“灵活的斗争”，破坏一切军用设施，消灭一切有生力量，最终配合国民党完成“反共复国”的“大业”。
　　这一垂死挣扎，虽像覆巢之前的哀鸣，却也产生了不小的冲击力。应该说，长达三年之久的匪患，其源盖出于此。
　　据不完全统计，国民党反动统治在崩溃的时侯，留在大陆上的溃散武装（政治土匪）就有200 万，各种特务分子60  万。这些反动势力，在全国各地埋下了定时炸弹，增加了建国初期的不安定因素。
　　毛人凤策划行动方案
　　1949  年10  月1 日，中华人民共和国宣告成立。就在毛泽东手持讲话稿，站在天安门城楼宣告这一伟大事件后的24  小时，从苏联的首都莫斯科拍来了世界上第一份外交贺电：
　　……苏维埃社会主义共和国联盟热烈祝贺中华人民共和国的成立，并正式承认中华人民共和国中央人民政府……苏联政府的反应之快，使全世界都始料不及，许多国家领导人还在瞪大眼睛看着新中国有没有人理睬呢？

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