一直到1946  年3月间戴笠死去前，郑的这个主任秘书都是由毛代理。到1942  年前后，中美所工作正在开展，毛人凤忙不过来，又增加了一个副主任秘书，由张严佛担任，直到抗战胜利。
　　郑介民对军统局这个主任秘书的本职虽不大感兴趣，而他的老婆却生怕丢掉了这个位置。因为军统局钱多、东西多，可以源源供应，不但郑所乘的汽车、汽油由军统局供给，家里用的副官、男女佣人、厨师等都从军统局支薪，连家里的许多开支和应酬请客等费用也都由军统局包下来。军统控制的公开机关如缉私署、货运局、交通检查处等走私和缉私得来的东西，对军统大特务“进贡”时，总有郑介民的一份。为了这些，郑的老婆去军统局局本部的次数，却比郑还多。每当戴笠离开重庆，毛人凤要找郑去军统主持纪念周时，郑常推说事忙抽不出时间。毛人凤以后找到一个窍门，只要打电话到他家里告诉他的老婆一声，第二天郑一定准时到达，从不误事。
　　抗战开始不久，蒋介石曾请求英国帮助成立一支突击部队。郑得到这一消息，对此很感兴趣，便托人向蒋去要求，希望派他去担任这项任务。蒋认为郑没有带兵打仗的经验，不适宜搞这种工作，另派李默庵去筹备成立英械装备的突击部队，郑又一次感到很大失望。
　　当参谋本部改组为军令部之后，郑却意外地被蒋介石提升为该部第二厅中将副厅长。这样虽使他安下心来，却仍不忘情于带兵的工作。1939  年陆军大学设立将官班，专门调训国民党中高级军官，他便请求带职去受训。当时有人问他，为什么还要去进陆大？他很高兴他说：“现在的军事机关和部队的幕僚长，规定都要陆大毕业，如果自己不是，不但没有机会带兵，也不懂业务，无法工作。而且由于和陆大学生不是同学关系，也不易驾驭，所以非去不可。”郑介民于1939  年9 月进陆大将官班，1940  年4 月毕业。当时陆大还设在贵州遵义，有些调训的高级军官带职学习，连画地图都要参谋代办，本人则经常跑到重庆、贵阳去玩乐。即使在遵义，他们也是花天酒地，有时通宵达旦地赌博，上课听讲只是敷衍了事，反正是去混一个学历。郑介民在这段时间内却与众不同，他非常认真地学习，有空还从事写作。他偶尔回重庆几天，也是到军统局和第二厅去要一些资料，作为他写作参考之用。他老婆经常写信骂他，说别人常常回来，他却不想家，还疑心他在遵义玩什么花样，曾两次偷偷地跑到遵义，看到他的确是在埋头学习和写作才放了心。
　　郑一面悔恨自己没有带兵打过仗，“武”的气味还差一些，一面又醉心于想当一个“儒将”。当时反动派中许多将领，都有“武人惟恐不能文”的思想，他便是具有这种思想的一个典型人物。几年间，他从军统局与第二厅档案中搜集了不少材料，先后编写了《军事情报学》、《谍报勤务教范草案》、《游击战术之研究》等几本书。国民政府对他这种肯钻研和写作的精神，曾予以明令表扬，并授给他一枚“积学勋章”。他对这枚勋章极为重视，认为是最难得的“荣誉”，经常爱把它拿出向人炫耀，以显示他是个“文武双全”的“儒将”。
　　郑任军令部第二厅副厅长期间，还于1940  年下半年起，兼任“中苏情报合作所”副所长，所长由二厅厅长杨宣诚兼任。苏联方面也派了一个副所长，这是苏联帮助中国侦收对日情报工作的。该所设在重庆夫子池来龙巷庆德里1 号，另在南岸黄山放牛坪茶亭子附近设有电讯侦测总台，由军统所派的特务肖坚白任总台长。苏联派有一个副总台长和几十名技术人员，在南岸汪山建有两幢宿舍专供苏联人员住宿。该所结束后，该处改为军统汪山农场。
　　这个所虽是由军令部出面，实际是由军统主持与苏联进行合作，专门侦收和研究翻译日本陆空军无线电通讯密电码的。苏联方面提供了一批供侦收用的电讯器材。名为合作，实际上是彼此都想把对方侦译日本密电码的技术学过来，而把自己懂得的一套又不要让对方学去。戴笠曾把留学苏联的中共叛徒谢力公、吴景中等人派去担任该所的科长（苏联方面派副科长），其他一些工作人员也大都是由戴笠选派去的军统特务。
　　戴笠一方面指使派在该所的电讯部门特务去偷学苏联人员在这项工作中的技术方法，同时还指示他们应多方设法去和苏联人员接近，想从中收买拉拢个别的苏方工作人员，妄想在苏联内部去布置情报工作。戴对谢力公抱有很大的希望。谢的俄语很流利，一向长于交际应酬，戴特别拨出在赣口街附近的一座小洋房交与谢，作为联络苏联人员之用。谢的举止很阔绰，一切交际费用都由军统支付，曾花了不少的钱，但却没有听说得到什么结果。当时郑介民的老婆为此常发牢骚，说郑兼任该所副所长，却远不如该所的科长阔气。
　　郑在兼任副所长期间，平日也很少过问该所的工作，一直交由军统去搞。
　　有人偶尔问到他这个所的情况时，他总是神秘他说：“这是秘密，暂时还不宜公开，将来等到对日作战取得最后胜利，一定会有惊人的成绩在报上公布的。”实际上他有许多问题也弄不大清楚，除了邀请苏联人员赴宴时他去参加一下，他连设在南岸的侦测总台都没有去看过一次。谢力公有事也是直接找戴笠请示，有些事告诉他一声，有些连事后都不和他谈，他也从来不去追问。
　　拥有四枚外国勋章
　　1940  年夏天，蒋介石叫戴笠加强军统在南洋各地的特务活动，戴因郑对南洋情况较熟悉，要他赴甫洋一带视察，开展军统在海外的组织工作。他认为这些地方都是英国的殖民地范围，必须与英国有密切联络，以免引起英的不满。他去视察时，英方面特派两名特务随他一同前往。
　　同年秋，通过郑与英接洽，决定成立一个“中英情报合作所”，英国派特务安德逊到重庆正式商谈中英情报合作问题。蒋介石决定用军统负责与英国合作，戴笠即推荐军统特务武装部队头子、军委会别动军司令周伟龙兼任该所主任，安德逊任副主任。
　　中英情报合作所成立时，戴笠在军统局举行纪念周上特别称赞郑“为军统发展国际情报工作做出新的贡献”。
　　这个所设在重庆小龙坎红糟坊周家湾别动军司令部旁边。合作内容主要是由军统向英方提供有关日本陆海空军在中国沿海及大陆活动的情报，其中着重于日本空军的情报。军统曾应英方要求，派了一个特别工作小组，先后在香港、印度（日寇占港前去印度的）工作，专门侦测日空军的活动和研译日空军的密电。当时英方对这个工作组很重视，并多次想派人学习军统侦译日空军密电的技术，军统始终不肯把这个部门所取得的经验向英方提供。
　　1942  年，戴又要郑以军令部二厅名义派军统特务李汉元、吴文字等10余人去缅甸工作，还由英方派遣几名特务随同前往。
　　郑最得意的一件事，是1942  年1 月间，他对盟军在新加坡的作战方案提出自己的意见，后来事实证明是正确的。当罗斯福和邱吉尔决定要保卫住盟军在远东的军事基地新加坡时，西南太平洋盟军总司令英国上将魏菲尔在新加坡召开同盟国军事会议，商讨保卫新加坡的计划，蒋介石除了派杜聿明等前往参加外，还派郑介民前往担任有关情况方面的联络。郑去了之后，不但没有受到魏菲尔的重视，连当时新加坡英军总司令对他也很冷淡。他只是和魏菲尔总部的一些高级幕僚人员有所接触，并没有正式参加这次会议。一向非常骄傲的魏菲尔，在这次会议上坚定表示：只要缩短防线，集中兵力，确保新加坡是决无问题的。郑介民却向魏总部的幕僚人员提出了他的不同意见。他认为新加坡是绝对没法防守的，不如集中力量坚守印度尼西亚，使之成为西南太平洋盟军的反攻基地，坚守印尼比坚守新加坡要有把握。当时他的这些言论，完全没有受到魏菲尔的注意。
　　郑从新加坡回到重庆，又把这一意见向蒋介石提出，蒋对他的话相当信任，曾正式转达魏菲尔，也同样没有被采纳。
　　还不到半个月，日军便集结大量海陆空军猛攻新加坡。这个为英国经营多年、费资达6000  万英镑建成的所谓远东第一巨港，加上有6 万多名防守的英军，只有10  多天时间，便于1942  年2 月被日军攻陷，魏菲尔仓皇率领总部人员逃往荷属爪哇。
　　这时，不仅在蒋介石和在重庆听到过郑意见的人，认为郑果然“料事如神”，连魏菲尔在致电蒋介石的时候，也有悔不听郑言而遭此惨败的表示。
　　蒋便再度派郑去爪哇与魏联络。这次魏菲尔的态度便与以前完全不同，据郑回来时说，连魏菲尔都亲自去机场迎接他。不过这次郑却没有看得准，当他刚从爪哇回到重庆，正预备再去的时候，日军又乘胜向印尼大举进攻。不出一个月，爪哇也被日军占领。魏菲尔只身乘飞机逃往印度，防守印尼的几万英军和魏菲尔总部军官都成为日军的俘虏。
　　在一败再败以后，西南太平洋盟军总司令部也一度宣布解散，魏菲尔仍回原任——驻印英军总司令。以后蒋介石还经常派郑去印度和魏菲尔联络。
　　后来英国派蒙巴顿在锡兰任南太平洋盟军总司令时，郑也曾去锡兰和蒙巴顿联络。

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