祖大寿回锦州后，对巡抚邱禾嘉说自己是突围而出。不久事泄，邱巡抚上奏崇祯帝。由于边地需要祖大寿这样的勇将，崇祯帝没有下令杀他，下敕让他入京面君。祖大寿心中有鬼，一直不敢入京，皆借故推辞。但观其日后所为，他确实断绝了与后金方面的联系，一心守土，直到锦州大战时才真正降附满清。

　　大凌河之战，明军精锐数万被歼，大量先进火器丧失，损失不可谓不大。最重要的是，皇太极粉碎了明军步步为营东进的战略，迫使明朝往后退缩。

　　后金天聪七年（1633年初，因愤恨巡抚孙元化征兵渡海，被袁崇焕杀掉的毛文龙原先的部将孔有德、耿仲明（三人均为辽东人）在登州叛变，乘船率万余兵士及家属在镇江向后金投降。

　　皇太极大喜过望，待以厚礼，立封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，让二人在朝中与八和硕贝勒共列一队朝见，以示殊宠。同时，明令二人自领所统汉军，具有类似旗主的权力。日后，皇太极称帝，封二人为王爵，专为他们所统汉军设汉军二旗，成为日后汉军八旗的前身。

　　皇太极这一举措意义深远，一是用汉将统汉兵，这些人熟谙水战，深晓地利，成为满清的鹰犬前驱，二是汉军八旗（以及蒙古八旗）的建立，可以削弱满洲八旗旗主这些人的独尊地位，对他们予以牵制，更增加了皇太极一人独大的不二地位。

　　崇祯七年（1634年），皇太极发兵二次入关打击明朝，总共进行三个多月，在宣府、大同一带大肆杀劫，掳抢百姓、牲畜不计其数，洋洋而去。

　　崇祯帝大错之三——轻信农民军“投降”的后患见陕西境内消停一些，明廷便下令给临洮总兵曹文诏，让他带统陕西、山西诸将，去山西剿贼。曹文诏手下兵不多，只有近四千人，立刻从甘肃庆阳开拔，经潼关、过黄河，率先击杀蒲州、河津一带的农民军。

　　到崇祯六年冬，从各地调至山西、河南、河北一带的围剿官军人数，已达三万多。一直号称“英明”的崇祯帝，此时也走他前任的老路，派出不少太监公公到各部队当监军。

　　明末农民军之所以被称为“流贼”，就是因为这些人善于四处游走，东打一下西杀一下，让官军四顾不暇。但华北地区多为大平原，叛乱者们无险可据，无山可藏。官军势大，进攻不懈。最后，大部分农民军被压迫于河南界内的黄河以北地区不能动弹。

　　见突围无望，年底隆冬时分，“闯塌天”、“满天飞”、张妙手以及李自成等人，佯称要投降，向京营总兵王朴递信。王朴和太监杨进朝大喜，立刻制止各部官军的围剿，向朝廷上报了六十多位即将接受“招安”的降贼名单，自认为兵不血刃立下奇功。

　　“投降”名单上人名很有意思，一半像《水浒传》上面的，一半像《智取威虎山》里面的：贺双全、新虎、九条龙、闯王（高迎祥）、领兵山、勇将、满天飞、一条龙、一丈青、哄天星（当为混天星）、三只手、一字王、闯将（李自成）、蝎子块、满天星、七条龙、关锁（当为关索）、八大王、皂莺、张妙手、西营八大王（张献忠）、老张飞、诈手、邢红狼、闯塌天（刘国能）、马鹞子、南营八大王、胡爪、哄世王（当作混世王）、一块云乱世王大将军、过天星（惠登相）二将、哄天王（当作混天王——引者）猛虎、独虎、老回回（马光玉）、高小溪、扫地王、整齐王、五条龙、五阎王、邢闯王、曹操（罗汝才）、稻黍杆、逼上路、四虎、黄龙、大天王、皮里针、张飞、石塌天（当系射塌天李万庆）、薛仁贵、金翅鹏、八金龙、鞋底光、瓦背儿、刘备、钻天鹞、上天龙千奇百怪的人名，共计六十一名。

　　明军放松警惕后，不少兵卒还与即将“投降”的农民军做起买卖来，偷出军营里军靴、棉衣、兵器等物卖与对方。

　　数名农民军头领暗中早有串联，趁诈降机会大大地休整一番。然后，他们吃饱喝足，趁山西垣曲到河南济源之间黄河封冻之机，纵马狂奔，整部整部地突破黄河天险，冲出明军包围圈，忽喇喇出现在中原大地。

　　由于河南地方官员没有平贼经验，四战之地又便于驰骋，农民军水银泻地一样，四处窜击，不仅河南全境遭受劫害，周遭的安徽、四川、湖广等地均处处开花。由此，局部农民战争，一下子变成了全面的祸患。

　　特别是河南连年大旱，当地人活不下去，见当“贼”能吃饱饭继续存活，不少人纷纷入伙，农民军军势益炽。于是，高迎祥、张献忠、李自成等部进入卢氏山区，与当地偷掘矿藏的“矿贼”合伙，直下湖广，连破襄阳、上津、房县等地，如入无人之境。而“扫地王”、“满天星”、“横行狼”等人西入武关，连陷山阳、镇安等地，然后北上雒南，杀向西安。待洪承畴率军来截杀时，他们南下四川，攻城略地。

　　横行数月，农民军主力最终大多回到了陕西。

　　为了统一事权，明廷任命陈奇瑜总督五省军务（陕西、山西、河南、湖广、四川）。他在河南陕州会师后，统军南下，打得在均县、竹山一带活动的张献忠、李自成等部纷纷退却，转往陕西。

　　大部农民军在明军的围追堵截下，误入汉中栈道险地车厢峡。由于两个多月的阴雨天气，农民军弩解刀锈，衣甲多日不干，缺粮少食，几乎丧失基本战斗力。如果明军趁势进攻，这几万人只有等着挨宰的份儿。

　　情急之下，李自成、张献忠等人齐集商议，各自拿出先前抢掠的金宝，运了几十匹骡马，送入陈奇瑜营中遍贿明军上下军官。在左右力保下，陈奇瑜答应用抚招降，准备接受农民军的“投降”。

　　由于朝中兵部尚书张凤翼也主抚，崇祯皇帝信之，下诏招安。结果，陈奇瑜派出明军小头目，一对一百，对“投降”贼军登记整编，准备尽遣这些人回乡安置。

　　眼见大伙都成“良民”了，明军松懈，捧着农民军方面“孝敬”的大酒罐痛饮，搂肩搭背倾诉衷肠，都表示不打仗好。

　　结果，一夜之间，农民军在统一布置下忽然翻脸，尽杀安抚官（一百杀一个，太容易），夺马夺兵器后四处出击，立呈燎原之态。

　　可见，明政府对农民军“伪降”、“诈降”一直没有充分的警惕性，使得他们一而再、再而三绝处逢生，化险为夷。

　　诸部农民军脱险后，自汉中逸出，回奔陕西、甘肃攻掠。

　　崇祯帝大怒，撤掉陈奇瑜，改任洪承畴为兵部尚书，总督五省军务。屋漏偏逢连夜雨，明军西宁士兵哗变，洪承畴不得不首先处理西宁军变。等他回来时，“流贼”们都东奔入河南。

　　农民军在河南集结后，共七十二营三十万左右的队伍，各推首领，于荥阳大会，商议共拒官军事宜。

　　崇祯八年初，过了一个肥年的农民主力由河南汝宁入安徽，攻克颍州后，直杀明太祖朱元璋的老家凤阳。

　　凤阳是明朝“祖陵”所在，一直没敢建城墙，怕压住龙脉。结果，正月十五元宵节，农民军轰哄而至，杀掉当时守军数千，并派人挖掘了明帝的“祖坟”（其实朱元璋父母早就丢于乱坟岗，皇陵仅是象征性建筑）。然后，龙兴寺和皇陵宫殿均被农民军一把火烧成白地。

　　祖陵被掘，崇祯帝气得发疯，在下“罪己诏”的同时，杀掉凤阳巡抚等多名高官。然后，他调集七八万大军，发足军饷，命令洪承畴在半年内一定要消灭掉所有农民军主力。

　　恰恰是在凤阳，李自成与张献忠二人结下梁子，从此分道扬镳——攻破凤阳皇陵后，张献忠俘获了在皇陵充当乐手的小宦官十二人。每次宴酒，张献忠就让这些小阉人为他吹吹打打，以乐佐酒。李自成看着眼红，就向老张索要。老张先是不给，李自成固请，多次派兵上门来索取。老张大怒，派人砸毁所有乐器，让兵士把小宦者们轮奸（鸡奸）后送给李自成。

　　李自成看见小宦者们个个捂着屁股双眼哭成鲜桃，非常恼怒。再问乐器下落，回言张大王已经砸毁。一怒之下，李自成持剑，把十二个小阉人均捅死在当地，以泄胸中愤恨。

　　由此，李、张二人失和。

　　半年内平灭农民军，说来容易做起难。各路农民军返回秦地，饥民纷纷相从，规模几近二百万人。李自成率部坚持在陕西发展，并在进攻甘肃真宁（正宁）时杀掉明军猛将曹文诏，给予诸路明军以极大的精神打击。

　　高迎祥、张献忠、“老回回”马守应等人吃尽当地粮食后，又从陕西东出潼关杀回河南，几十万人忽来忽去，似蝗虫一般，到哪里就把哪里吃个干净，抢个干净。

　　眼见洪承畴一个人忙不过来，明廷只得让湖广巡抚卢象升协助，让他剿东南，洪承畴专剿西北。高迎祥、张献忠等人东下安徽，对滁州展开围攻，卢象升立刻领兵去救，但扑了个空。

　　农民军在密县、登封一带与官军交手得利后，复回陕西。洪承畴本来在甘肃打得李自成等人喘不过气来，正要集中兵力予以消灭时，明军驻宁夏固原的政府军因缺饷发生兵变，洪承畴只得赶过去救火。李自成逃出生天，奔回陕西老家。

　　沮丧之余，明廷终于得到一个好消息。崇祯九年夏末，在孙传庭、洪承畴二部明军的围堵下，“闯王”高迎祥在周至被生俘。

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