那些守旧的亲贵重臣害怕改革会触动他们的地位，纷纷投靠慈禧并竭力挑拨他们的关系。慈禧也深恐光绪改革成功会影响到她的独裁。这样朝廷大臣里出现了“后党”与“帝党”，双方展开激烈的斗争。光绪亲政的十年，是他与慈禧进行政治和权力斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐化。
　　光绪二十四年七月二十九日，光绪帝到颐和园见慈禧太后，慈禧太后明确表示要废掉光绪帝，并密谋由北洋总督荣禄，在九月初皇帝、太后到天津阅兵时发动政变，废除光绪帝。形势危急，光绪帝当天就给“帝党”人物杨锐发下密谕，让他和康有为、林旭、谭嗣同、刘光第等人设法相救。光绪在信后还特别说：“朕十分焦灼，不胜期望之至。特谕。”
　　不想，杨锐此人胆小怕事，将密谕扣住不传他人。光绪等不到回音，急不择路，只好重用袁世凯，希望袁世凯能感恩报德，效忠皇帝。同时，光绪帝于八月二日发给林旭一道密谕，让他转告康有为迅速离京。康有为、谭嗣同等人看到密谕十分感动，但都束手无策，最后也觉得只有拉拢袁世凯。于是由谭嗣同出面请袁世凯，马上举兵，先杀掉荣禄，回兵包围颐和园。袁世凯表面上满口答应，八月五日回到天津，却在八月六日马上向荣禄告密。荣禄又即刻将此事密电正在颐和园的慈禧。慈禧马上乘轻轿返城，立即传光绪来见，对其破口大骂。在以慈禧为首的守旧势力的反对和镇压下，变法运动最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“戊戌六君子”遇害，光绪本人亦被软禁在中南海瀛台，他的政治生涯实际上到此已经结束。此后，光绪度过了十年没有人身自由的囚徒生活。他虽然名义上仍保持着皇帝的名位，但实际已没有了皇帝的权力。戊戌变法失败后，慈禧又将光绪挚爱的珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，并且不许她觐见皇上。
　　中南海瀛台，与水云榭岛、琼华岛分处太液池三海之中，象征东海三仙岛蓬莱、瀛洲、方丈。瀛台四面环水，只在北端架一板桥，通至岸上，板桥中间有一段是活动的，光绪被囚此之后，慈禧太后便命令人把桥板撤掉了，以免光绪帝走出瀛台岛。
　　冬天三海结冰，从瀛台不通过木桥也可以从冰上到达岸边。据说有一次光绪带了小太监踏冰离开瀛台，被发现后，总管太监李连英立刻下令凿冰，以防光绪离开。光绪十分想念心爱的珍妃，传言他让小太监暗中给珍妃送信，偷偷相会。每到此时，他更加痛恨出卖自己的袁世凯，临死之时，他不言不语，用手在空中写着“斩袁”两字。
　　光绪被囚后还曾试图求得慈禧原谅。例如他在送给慈禧的画轴、匾额斗方等题款时，都写着“臣全忠敬书”，其目的是试图以对慈禧太后称臣，表明自己忠于慈禧太后的心迹，来换取老佛爷的谅解。可此时，慈禧太后已经不可能让光绪再次亲政了。
　　光绪深知慈禧的险恶用心，日夜担惊受怕，他对天长叹：我连汉献帝都不如啊！被囚禁在瀛台的光绪，病情日益加重。光绪二十五年（1899年）正月初二，御医在光绪的《脉案》中写下：“皇上脉搏微弱，面色发黄，鼻子溃疡，吃饭不香，消化不良，心情烦躁，时常叹息，气短而懒得说话，精神恍惚，常常半夜醒来，对墙无故发笑。”病势日渐加重，自不待言。
　　光绪二十六年七月二十一日，八国联军入侵北京。慈禧仓皇出逃。相传临行前还不忘处置珍妃，命太监将其推入井中。当光绪得知珍妃的死讯后，精神和身体都彻底崩溃。由此可见，从光绪自幼多病，到青年以后的病情逐步加重，都与他的政治处境和精神生活密切相关。可见慈禧的长期压制和打击，是光绪致病的重要原因，从这一点看来，民间传说是慈禧置光绪于死地，则并非全无道理。
　　为什么早死一天
　　尽管清宫医案明确告诉人们，光绪是病死的。但是，从光绪死的那天开始，人们就怀疑他不是正常死亡。人们总觉得他只比慈禧早死一天，这太奇怪了。光绪当时身体很弱不假，但为什么这一天也拖不过去呢？是不是慈禧手下最后几天在药里下了什么东西，或者做了别的手脚呢？这些猜疑只是猜测，因为到现在为止，都没有确凿的证据。
　　查《清史》、《清通鉴稿》等正史，均没有光绪被害死的记载。
　　据清宫医案记载：光绪自幼多病、体质很弱，病情复杂，十六七岁便患遗精症，以致“昼间一闻锣声，自觉心动而自泄”。他多次亲自书写的症状也称“耳鸣脑响，梦遗滑泄，虚火上冒，下部痿冷”。戊戌政变遭囚后，因精神极度忧郁恼恨，更加重了病情。至死前数日，已呈必死之象，不仅御医无可奈何，连应召入京、想治好帝疾以博取功名的各地名医也都束手无策。最终，光绪帝终因五脏俱病、六腑皆损、阳散阴涸、阴阳离决而死。
　　也就是说，光绪的死亡是病入膏肓，自然死亡。
　　而慈禧太后则是死于年老和疾病。她早年就有月经不调之疾，以后又患过喘咳、痔疮、腹泻、肠胃不和等病症，到了七十岁后身体更加衰弱，疾病不断，长期患有慢性肠胃病，但这些均未能影响她的生活起居和政务活动。直到光绪三十四年（1908年）六月以后，她的病势才稍有加重，多日腹泻不止，又新增“周周疼痛，面目发浮之病象”，但其政务活动仍很频繁。十月十日是其寿辰，她又接连忙了几天。在光绪死亡的当天，她的病势仍无危险迹象，神志也非常清醒，如颁旨封醇亲王为摄政王，立其幼子溥仪为皇帝。第二天又召集多人谈话。至午时，她才用饭，不料突然晕去，及至醒时，左右皆认为是因前几日太过劳累以致旧病复发。御医诊断其脉息后称“脉息不匀，精神委顿，势甚危笃”，后来就“六脉已绝”。可见慈禧患的是慢性病，直到光绪死前都未呈凶险症状。她的病情突变，与她老、病、劳累过度，特别是与光绪帝之丧而又精神松懈有关。这样一对比，就可以看出，光绪在死前数日已呈必死之象，慈禧在光绪死前并不知道自己很快死亡，也就没有必要杀害光绪。
　　再者，光绪死后，有人在整理崇陵地宫时取出光绪发辫进行化验，证实光绪并未中毒，实乃病情过重而药力不达所致。以上可知，光绪是病死，而不是被慈禧等毒死。
　　那么，光绪之死，是否与慈禧没有一点关系呢？也不是。慈禧、李莲英等人长期对其百般迫害凌辱，是导致光绪病重、早死的重要原因。
　　关于慈禧及亲信害死光绪的传言，其消息均来自清宫内部。这些人中，有的是光绪的医生，如屈桂庭；有的是皇帝起居官和御吏，如恽毓鼎；有的是慈禧女官，如德龄；有的是老太监，如溥仪在《我的前半生》中说：“他曾亲听老太监说，光绪死前一日还好好的，只因服了袁世凯送的一剂药便坏了”，“坏了”就是“不行了”；有的是亲王家属，如醇亲王戴沣之女爱新觉罗·韫欢等。猛一看，似乎消息非常可信，但是仔细考究之下，则是矛盾重重。以上这些传说虽系清宫皇帝、大臣、宫女、太监等所见所闻，但矛盾重重，各执一词。如光绪被害的凶手，有人说是慈禧太后，因为慈禧说光绪：“谁让我一时不痛快，我就叫他一辈子不痛快！”但有知情人说这句话是慈禧对一个下棋赢了自己的小太监说的。有人说，光绪闻慈禧病了面有喜色，慈禧怒道：“我不能先你死。”于是派人毒死了他。此说最初见于恽毓鼎的《崇陵传信录》及徐珂所编《清稗类钞》，但无当事人佐证。还有人说是杀害珍妃的崔玉贵密令名叫宋小胖子的太监身怀利刀，伺机杀了光绪。又有人说是李莲英、袁世凯下毒。众说纷纭，不能作为证据，只能作为怀疑线索。再说，其他正史、野史也无慈禧等密谋的记录，更让人觉得传言不可信。
　　光绪之死的真相
　　光绪究竟是怎么死的？还是让我们看看中国第一历史档案馆珍藏的当年光绪病情档案是如何记载的。
　　档案一：光绪三十七岁时的《病原》说，他遗精将近二十年，腰腿肩背经常酸沉，耳鸣也有近十年。可见，光绪一直身体不好。
　　档案二：光绪二十六年《脉案》记载，从这时起，光绪的病情不断恶化。从现代医学角度分析，光绪已患有严重的神经官能症、关节炎和骨结核以及血液系统疾病，这是导致光绪壮年死亡的直接原因。
　　档案三：光绪三十四年三月初九《脉案》，御医曹元恒记载：皇上肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，病势到了无药可用的严重程度。
　　档案四：光绪三十四年五月初十《脉案》，御医陈秉钧写有“调理多时，全无寸效”的话。江苏名医杜钟骏为皇帝看过病后也表示不求有功，只求不出差错，说明医生们对光绪的病已无能为力了。
　　档案五：光绪三十四年九月《脉案》记载，此时光绪的病状更加复杂多变，脏腑功能已全部失调。
　　档案六：光绪三十四年十月十七，三名御医会诊，《脉案》记载，这时光绪的病情已进入危急阶段，出现肺炎症及心肺衰竭的临床症状。御医会诊后私下对朝臣说：“此病不出四日，必有危险。”
　　档案七：光绪三十四年十月十九《脉案》记载，光绪出现胸闷气短，咳嗽不断，大便不通，全身乏力的症状，御医们“甚感棘手”。
　　档案八：光绪三十四年十月二十《脉案》记载，当晚光绪开始进入弥留状态，神志昏迷。

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